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La chimie en 3D avec Jmol : présentation

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De la chimie... animations et images interactives créées à l'aide du logiciel Jmol

Jmol est un logiciel libre traitant de divers aspects de la chimie.

Il permet d'animer des structures chimiques en 3D et d'interagir avec elles, mais aussi de travailler sur des domaines connexes :

-  visualisation des vibrations moléculaires (→ spectroscopie infrarouge et Raman, ...)  ;

-  visualisation des "cartes" de densité électronique/des orbitales atomiques ou moléculaires ;

- étude des structures en relation avec leurs éléments de symétrie (chiralité, stéréoisomérie, détermination de structures cristallines par diffraction de rayons X...) ;

- étude des macromolécules biologiques (protéines, enzymes, mutation et interactions/visualisation des structures primaires, secondaires, tertiaires... et, de manière générale, tout ce qui relève de la biochimie) ;

- visualisation des charges partielles (application aux moments multipolaires et à la polarisabilité des molécules), etc.

 

Vous trouverez sur ce site les trois sections ci-dessous :

La chimie en 3D au collège avec Jmol ;

• La chimie en 3D au lycée avec Jmol ;

• La chimie en 3D dans l'enseignement supérieur avec Jmol. 

 

Ci-dessous un exemple d'applet Jmol :

Vous pouvez vérifier qu'il ne s'agit pas d'une image animée en agissant sur les commandes qui se trouvent en dessous du modèle proposé ou encore en manipulant la molécule directement (clic gauche + déplacement de la souris).

Vous pouvez également charger une autre molécule : , et agir de la même façon que sur la molécule d'éthanol.


Jmol : une applet Java open-source pour la visualisation des structures chimiques en 3D Jmol : une applet Java open-source pour la visualisation des structures chimiques en 3D  

 

Jmol est une interface ouverte qui intègre le projet global OpenScience, lequel vise à créer des logiciels libres à but scientifique.

Jmol, enfin, est une application java qui fonctionne sur tout ordinateur muni d'une machine virtuelle java (JRE). Si vous n'en disposez pas encore, vous pouvez la télécharger sur le site java.com.

Son interface très simple permet de l’utiliser avec des élèves de collège ou de lycée, mais c’est aussi une application très complète utilisée par un certain nombre d’écoles et d’universités. En effet, Jmol permet, entre autres :

• d’être à la fois une application autonome et une applet pour page Web ;
• d’avoir un affichage 3D très rapide, même pour les  très grosses molécules couramment rencontrées en biochimie ;
• de supporter de nombreux formats de fichiers, dont les classiques .pdb, .mol et .xyz, mais aussi de nombreux autres ;
• d’utiliser le puissant langage de script Rasmol/Chime pour les animations ;
• de permettre l’affichage des molécules en couleurs 24 bits ;
• d’exploiter au mieux les performances graphiques de votre ordinateur...
 

Remarque : on peut utiliser Jmol comme on le désire... et le redistribuer gratuitement sous réserve de repecter les termes de la licence "GNU General Public License".

 

Vous êtes ici: Applets Jmol (accueil)